Program pendidikan Doktor (S3) Ilmu Kedokteran Fakultas Kedokteran USU didirikan sesuai dengan Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan Nasional (Ditjen DIKTI Depdiknas No. 519/DIKTI/Kep/1996 tanggal 12 November 1996. Dalam rangka memperlancar proses pembelajaran Program Pendidikan  Doktor (S3) Ilmu Kedokteran FK USU, maka diterbitkanlah satu surat keputusan tersendiri ( SK Rektor USU No. 588/J05/SK/KP/2002) tentang Pengangkatan Anggota Kelompok Keilmuwan Program Doktor (S3) Ilmu Kedokteran FK USU. Bedasarkan KEPUTUSAN REKTOR UNIVERSITAS SUMATERA UTARA No. 17015/H5.1.R/SK/SPB/2009 Tentang Pengalihan pengelolaan program studi Magister Ilmu Biomedik, Ilmu Kedokteran Tropis dan Doktor Ilmu Kedokteran dari Sekolah Pascasarjana ke Fakultas Kedokteran USU tertanggal  01  September 2009 Maka pengelolaan Program Studi Doktor Ilmu kedokteran dari Sekolah Pascasarjana dialihkan ke Fakultas Kedokteran USU. Melalui program ini diharapkan Fakultas Kedokteran USU dapat memberikan pelayanan pada ilmu pengetahuan terutama pada bidang tropical medicine, onkologi molekuler dan teknologi serta pengembangan kebutuhan masyarakat dalam bidang kedokteran sehingga memberikan kontribusi dalam Pembangunan Nasional maupun Internasional.